ব্রিগেডিয়ার জেনারেল (অব.) এম সাখাওয়াত হোসেন, যারা ওয়ান-ইলেভেনের সময়ে নির্বাচন কমিশনার ও অর্ন্তবর্তী সরকারের উপদেষ্টা ছিলেন, তাদের বিরুদ্ধে একাধিক গুরুতর অভিযোগ রয়েছে। অভিযোগগুলোতে উল্লেখ রয়েছে, তিনি বিএনপিকে ভাঙার চেষ্টা চালিয়েছেন, কমিশনের পক্ষে কুচক্রীদের সঙ্গে যোগাযোগ রক্ষা করেছেন এবং ২০০৮ সালের নির্বাচনে অতিরিক্ত ব্যালট পেপার ছাপানোর তত্ত্বাবধান করেছেন।
ওয়ান-ইলেভেনের সময় তিনি প্রধান নির্বাচন কমিশনার ড. এ টি এম শামসুল হুদা এবং অন্যান্য কমিশনারদের ওপর প্রভাব বিস্তার করতেন। কমিশনের গুরুত্বপূর্ণ সিদ্ধান্তগুলোতে তার প্রভাব অব্যাহত ছিল এবং সেই সময় ভোটার তালিকা প্রকল্প ও ব্যালট প্রিন্টিং বিষয়েও তার তত্ত্বাবধান ছিল। অর্ন্তবর্তী সরকারের একাধিক সূত্র জানায়, ওয়ান-ইলেভেনের অপরাধমূলক কর্মকাণ্ডের সত্যতা যাচাই করতে তাকে যেকোনো সময় গ্রেপ্তার করা যেতে পারে। বর্তমানে তিনি গোয়েন্দা নজরদারিতে রয়েছেন।
এছাড়া, তার পুত্র এম সাফাক হোসেন নৌপরিবহন মন্ত্রণালয় এবং চট্টগ্রাম বন্দরের বিভিন্ন প্রকল্পে একচ্ছত্র নিয়ন্ত্রণ চালাতেন। বিশেষ সূত্রের খবর অনুযায়ী, সাফাক হোসেনের নেতৃত্বে চট্টগ্রাম বন্দরের অবকাঠামোগত উন্নয়ন, বে-টার্মিনাল ও তালতলা ইয়ার্ড নির্মাণ, সরাসরি টেন্ডার প্রক্রিয়া এবং বিভিন্ন ক্রয় কার্যক্রমে অনিয়ম ও কমিশন আদায়ের অভিযোগ রয়েছে। এসব বিষয়ও সরকারের নজরে রয়েছে এবং তদন্তের আওতায় আসতে পারে।
অর্ন্তবর্তী সরকারের সূত্র মতে, এম সাখাওয়াত হোসেন স্বরাষ্ট্র ও নৌপরিবহন মন্ত্রণালয়ের দায়িত্বে থাকা সময় তার কর্মকাণ্ড ও পুত্রের প্রভাবের কারণে সরকারের বিভিন্ন স্পর্শকাতর দপ্তরে সমস্যা সৃষ্টি হয়েছিল। পরবর্তী সময়ে তাকে গুরুত্বপূর্ণ নির্বাচন সংক্রান্ত বিষয়ে রাখা হয়নি। ওয়ান-ইলেভেনের সময় বিএনপির বিরুদ্ধে তার কর্মকাণ্ডের প্রেক্ষিতে এই অভিযোগগুলো যাচাই করা হচ্ছে।